但是，《五经正义》作为官修之书，杂出众手，弊病不少。它采取“疏不破注”的原则，坚持以义疏解释某家注文，不得越雷池一步，实在太拘泥了。从全书看来，往往是曲徇注文，彼此互异，疏文失于虚浮。当时，有个太学博土，名叫马嘉运，因参与编撰义疏，故颇知其弊。他“以颖达所撰《正义》颇多繁杂，每掎振之，诸儒亦称为允当。”
贞观十六年，由于“嘉运屡相讥诋”,唐太宗下诏“更令详定”。可惜，贞观十七年，孔颖达已年老退休，无法再主持修订工作了。尽管《五经正义》也有纰缪，但唐太宗对孔颖达还是推崇备至的。贞观十八年，绘像于凌烟阁，赞云： “道光列第，风传阙里。精义霞开，损辞飙起。”
终贞观之世，《五经正义》的修订未能完成。至唐高宗永徽二年，下诏儒臣继续重修。永徽四年三月书成，仍以孔颖达署名，正式颁行天下，作为钦定的全国性的教科书。此后沿至宋代，明经科举取士，试题与经义皆以此为标准。总之，唐太宗统一《五经定本》和《五经正义》,是中国经学史上一件大事。正如范文澜先生所说： “对儒学的影响，与汉武帝罢黜百家独尊儒学有同样重大的意义。”汉代独尊儒术，尚未制定统一的全书，五经博士分门授徒，派别甚多，就经学统一的规模来说，汉不及唐之盛大。由于唐王朝的盛世远远超过汉王朝，加上唐太宗对经义解释采取兼收并蓄、以广见闻的态度，所以，唐初经学的统一达到了前所未有的盛况。