在汉武帝时代，关于天人关系和古今关系，是当时思想领域中人们关心的问题。经学大师公孙弘认为，当时的诏书律令都能“明天人分际，通古今之义”[22]。汉武帝举贤良册问中，也有“善言天者必有征于人，善言古者必有验于今”的话。而董仲舒的以贤良对策，更是阐说“天人之征，古今之道”[23]的大文章，有广泛的影响。但他们所宣扬的是“迹之于古，返之于天”，在历史观上是保守的、唯心的。司马迁的历史哲学则与此相对立。
司马迁讲的“究天人之际”，首先是强调天人相分，认为“天道”与人事不相干，他在《伯夷列传》中批评了“天道无亲，常与善人”的观念，还说：“余甚惑焉，傥所谓天道，是邪非邪？”他在《项羽本纪》中批评项羽把自己的败亡归结为“天亡我，非用兵之罪也”，“岂不谬哉！”其次，他在《封禅书》里讥刺汉武帝祈求神仙，屡被方士愚弄而仍然“冀遇其真”，从而毒害了社会风气。最后，他在《史记》中为大量的人物立传，写出了各种人物在历史活动中所发挥的重要作用，如陈涉、刘敬、陈平等，他都给予很高的评价。在《史记》以前，《春秋》是重人事的，《左传》和《国语》已写到不少人物的活动，但把人的活动置于中心位置来看待，是从《史记》开始的。司马迁没有完全摆脱“天命”论的羁绊，这在《史记》中不是主要倾向。