人们直到这些文化制品的灰烬冷却以后才意识到自己做了些什么。他们居然在这个宗教狂徒的唆使下把自己最热爱的东西亲手摧毁了。他们马上翻脸，把他关押起来。萨沃纳罗拉在监牢中饱受刑罚，但他始终都不承认自己的行为有罪。他只是一个想让自己和大家都过上圣洁生活的正直的人。他不能容忍那些站在他的信仰对面的人，一旦发现罪恶的存在，就刻不容缓地将它消灭。他对教会极端忠诚，在他看来，那种对异教徒的书本知识和美丽艺术品的热爱实在是罪大恶极。然而此时此刻，萨沃纳罗拉已经是孤家寡人了。那个他可以为之光荣为之战斗的时代已经远去。罗马教皇丝毫没有搭救他的意思。不仅如此，教皇竟然还默许了他的那些“忠实的佛罗伦萨子民”把萨沃纳罗拉绞死在绞刑架上，并焚烧了他的尸体。
这样的悲惨结局恐怕是无以避免的。萨沃纳罗拉如果有幸生在11世纪，无疑将会成为伟人。但是生在15世纪，他的事业必然要遭受失败。在这个不一般的时代里，连教皇都成了人文主义者，梵蒂冈则彻底蜕变成收藏古代希腊和罗马的伟大艺术作品的博物馆，中世纪真的是穷途末路了。