1989年12月1日，霍纳桑再次发起兵变，封锁机场并且轰炸总统府。美军出动战斗机帮助阿基诺解除了长达1周的围困。 1990年10月，约200名叛军强行占领了驻扎在棉兰老岛武端市的陆军第402旅旅部，宣布成立“棉兰老联邦共和国”，两天后被政府军粉碎。
2001年1月，菲律宾国防部长安吉洛·雷耶斯、武装部队总司令奥兰多·梅尔卡多以及军警高级官员宣布对埃斯特拉达总统不满，力挺副总统阿罗约上台取而代之。
导致菲律宾频频发生政变的原因很多，但重要原因归结于两点。一是菲律宾军队有“涉政”传统。在马科斯长达20年的军事独裁统治中，军方参与政治的欲望日渐膨胀。二是经济发展不力，政府和军队腐败严重。菲律宾经济发展缓慢，贫富差距扩大，使得军方及民众对政府产生强烈的不满情绪。
另外，兵变的“违法成本”过低也是原因之一，世界上没有一个国家能像菲律宾一样对兵变者的处置如此宽松。阿基诺夫人执政时期，兵变士兵被罚做几十个俯卧撑就可以归队了，最严重的也不过关几个月的禁闭，然后甩手走人。民众有时对兵变者表示同情甚至赞赏，兵变几乎成了展现军人良知的“高尚行为”，当年曾经参与发动数次兵变的霍纳桑少校，后来成了资深参议员，并广受年轻军人的崇敬。
