唯识学中的阿赖耶识缘起论是把认识问题与存在问题结合起来加以解决的。认识问题与存在问题的相关性原本是佛教思想实践特色的反映。阿赖耶识与杂染法之间的依持关系，一方面说明的是染境迷界存在的根据；另一方面则说明了凡界认识的来源，以及其中妄见的根源。阿赖耶识作为存在与认识的根源，其与终极存在和清净认识的关系又是怎样的呢？或者说阿赖耶识与清净法的关系如何呢？作为染因的阿赖耶识能否生起清净法？如果能生，是否会破坏关于存在与认识的一元论解释？
关于清净法的来源问题，是唯识佛教乃至中期大乘佛教关心的重点。唯识学，主要是晚期唯识学，即唯识今学，对这一问题的处理体现了唯识学的根本理论特征。首先，唯识今学区分了清净法的两种不同性质，即作为所缘境界的清净与作为能缘识体的清净，所缘清净就是真如，能缘清净即菩提智慧。所缘清净的来源问题实际上是真如法作为所缘是如何可能的问题，即真如是如何可能被认识的问题。在唯识学中，这一问题是以真如是否有种的形式提出的。如以真如有种则真如也是含藏于阿赖耶识之中的相分种子，作为种子，它不仅是自身熏习的结果，而且会发生自己的功能。这种看法无疑是误解了真如作为无为法的性质，真如与缘起、涅槃与业报轮回之间的界限未能区别清楚。因为真如自身是存在于缘起之外的，是去染之后之所得。而与缘起相即之空性，仅是从真如的角度对缘起的说明而已。若真如五种，或者说在主体心识之中，并无清净法的根据，那么，解脱或说涅槃，又是如何可能的呢？唯识今学对此的解释，充分体现了大乘思想的基本理趣。