仁义一生，死于诏狱，难言不得死所，何憾于天，何怨于人？唯我身副宪臣，曾受顾命，孔子云：托孤寄命，临大节而不可夺。……
大笑大笑还大笑，刀砍东风，于我何有哉！
涟即身无完骨，尸供蛆蚁，原所甘心
但愿国家强固，圣德刚明，海内长享太平之福。
这是何其绝望又何其畅爽的一纸自白，读来竟让人觉得如同刀绞肺腑，仿佛每一个字都能渗出鲜血来，心中已经分不清是该痛还是该恨。最后，杨涟被许显纯以钢针遍扫躯体，铜锤击胸肋骨尽碎，铁钉穿耳面目全非，身体被人用一堆沉重的土囊压得支离破碎，下葬前竟连全尸都难以凑齐。其他几人也在这般虐刑之下相继惨死，史称东林“六君子”。六君子死后，魏忠贤还没有放过他们的遗体，他丧心病狂地命令人把这六名大臣的喉骨剔出来，神气十足地望着这些曾经发声得罪过他的喉管道：“诸公别来无恙，还能上书否？”这件事发生在乙丑年，被称为“乙丑诏狱”，或东林党“前六君子”冤狱。
在六君子之后，刚过一年，又有高攀龙、周起元等七名东林党人受到迫害，除了高攀龙在提前得知即将受害的讯息后，自己投水自尽，其他几人皆和六君子惨状相似，分别在狱中被酷刑折磨而亡，这件事被称为“后七君子”冤狱，因发生在丙寅年（天启六年），所以又叫“丙寅诏狱”。天启四年到天启七年，被阉党杀害惨死的东林党人有十几位，至于其他治罪充军、降级贬谪的则不胜枚举，这还不够，为了永绝后患，魏忠贤在地方还禁止公开讲学的书院存在，断了东林党起家的老巢。在这场斗争当中，东林党以毁灭性的方式惨败了。廷臣犀利，可面对有皇帝纵容的魏忠贤，也别无他法，忠君观念的束缚让他们难以将矛头指向悲剧真正的始作俑者，依然自欺欺人是奸宦蒙蔽圣听才至如此，只好求诸神仙显灵，严惩恶人。这种悲凉的无奈在第一位被魏忠贤杖责而死的东林党人万燝的绝命诗中体现得淋漓尽致——