但是朱厚熜登基之后，很快又和当朝的权贵们产生了争论。这次争论主要是围绕新皇帝生父的尊号问题展开的。因为这次争论是以“礼”为开端，因此这场争论被称为“大礼议”。大礼议分为两派：一派以杨廷和为代表的当朝权臣们认为，只有武宗朱厚照皇帝的父亲孝宗才是皇父，而明世宗朱厚熜的父亲应该为皇叔父。另一派则是朱厚熜及其支持他的臣子们，他们认为既然朱厚熜当了皇子，其生父就应该为皇父，而明武宗的父亲应该为皇伯父。
几乎所有的官员都参与到了大礼议之中，反反复复维持了大概三四年。表面上是为朱厚熜父亲的尊号展开的争论，实际上却是两种学派的争论，即理学和心学的争论。以杨廷和为代表的理学派认为应该按理行事；而认为世宗皇帝的父亲应为皇父的人，都是受到王阳明心学的影响的人，他们认为应该依据人情而行事。
由此可见，王阳明的心学在当时已经对当时的社会意识形态造成很大影响。虽然武宗驾崩后，一直都非常欣赏王阳明的兵部尚书王琼被诬陷，被贬出了京城。但是还是有很多欣赏王阳明的人建议让王阳明进入内阁。以杨廷和为首的内阁大臣嫉妒王阳明的才华，是绝对不允许王阳明进入内阁的。
甚至曾经帮助过王阳明的杨一清也不希望王阳明进入内阁，因为他很清楚王阳明的才华，一旦王阳明进了内阁，他杨一清的能力就会被比下去了。杨一清好不容易走进内阁，自然不想让王阳明挤出去。