可惜天不佑贤，马皇后在洪武十五年（1382年）八月因病去世，享年51岁。在其病重的时候，群臣上书朱元璋请求为马皇后举行祈祷仪式并寻求名医，马皇后拒绝了这些请求，并告诉朱元璋生死有命，不须做这些，并嘱咐朱元璋不要因为自己的缘故来怪罪那些为自己治病的医生。最后马皇后还是不放心朱元璋，在临死时还嘱托朱元璋“我知道陛下很爱我，希望我死以后，陛下能将这份爱分给世人。”马皇后说这句话不是无缘无故的，在她去世的前两年刚发生了胡惟庸案，其中被杀的、被牵连的官僚多不胜数。
也许马皇后从这件事中看出朱元璋是可以和群臣共患难的，但是要与群臣共享乐就比较难了，正所谓“金杯同汝饮，白刃不相饶。”正因此，马皇后担心自己死后再也无人敢劝谏朱元璋，朱元璋会变得更加偏激（事实上也确实如此），所以才会在临终时嘱咐朱元璋不要忘了当初和群臣共患难的日子，希望朱元璋日后能够宽和一些。
最后说一说马皇后的子女问题，据《明史》记载马皇后生有五子二女：长子懿文太子朱标，次子秦愍王朱樉，三子晋恭王朱棡，四子明成祖朱棣，五子周定王朱橚，以及两个女儿宁国公主、安庆公主。但是据当今史学家考证，懿文太子、秦王、晋王三位皇子为李淑妃所生，燕王、周王之母为碩妃，只有宁国公主、安庆公主为马皇后所生，也就是说马皇后并没有自己的儿子。但是五位皇子全部寄养在马皇后膝下，并且认马皇后为亲生母亲，应当是朱元璋从中干涉，从此也能看出朱元璋对马皇后的感情。