为了表明秦王朝一统天下是历史的必然，始皇帝一定要找到某种合理的依据，这样，战国中后期齐国的思想家邹衍的五德终始说就成了他的首选。这个学说认为，王朝的兴衰更替是有固定规律的，要按照五行（也称五德）相克的顺序（即水克火、火克金、金克木、木克土、土克水）运转。每个王朝都与五行之一相应，后来的王朝在五行上要战胜前面的王朝，王朝的更迭就如此循环往复地进行下去。秦朝之前的王朝是周朝。邹衍说，周朝应五行中的火德，那么周朝之后的朝代应该是克火的水德。邹衍创立这个学说很有可能是为齐国取代周朝服务的，因为齐国有属于水德的说法。不料，这个发明竟被始皇帝用于实际政治。他声明，秦朝代周而立，是克火的结果，因而有水德的瑞应。按照水德的特性，秦朝祭祀所用的颜色应该是黑色，因为水德的成数是6，所以帽子要高6寸，马车宽6尺，天子马车要用6匹马，一步的距离也要6尺。黄河古代称作河水，到了秦朝也应改名叫作德水。由于水性主杀，所以秦的法制也应严苛少恩，秦朝用暴政，大概与此相关。
统一后，始皇帝着力加强中央集权的行政制度建设。在中央，实行三公九卿制。三公，指丞相、御史大夫和太尉。其中丞相主管行政，是百官之长；御史大夫主管监察，地位仅次于丞相，但对以丞相为首的百官都有监察之权，因而有制衡相权的作用；太尉是最高军事长官，协助皇帝处理全国的军事事务。统一六国前，丞相一职已经存在，御史大夫一职可能是秦始皇设立的，太尉虽然不见于秦朝的记载，但可能也已经设立。九卿则是三公之下各种具体政务部门的主管官员，比如李斯曾经做过的廷尉，就是九卿之一，负责全国的司法刑狱事务。它既是这个司法部门的名称，也是这个部门主管官员的名称。据研究，在整个秦汉时代，九卿的数量并不一定，往往要多于9个。而且，由于朝代更替和皇帝的更换，九卿的名称也不完全固定。比如廷尉，在西汉景帝、哀帝和东汉光武帝时期，就曾改名叫大理。王莽建立新室后，还改名叫作士。