意想不到的是，这段时期发生的一件事给理学的诞生提供了温床。1058年，王安石在皇帝赵顼（宋神宗）的全力支持下进行变法。儒家的保守派群起而攻之，王安石将他们统统从中央驱赶到洛阳。正是在洛阳，以程颐为代表的洛阳知识分子群没有政事的烦扰，所以专心致志地搞起思想来。也正是在这时，这些儒家知识分子放弃了儒家知识分子本应该坚守的处理现实问题的实际性，而凌空蹈虚地谈起了天道和人性。
据说，程颐年轻时听了周敦颐对《太极图说》的解释后，大呼过瘾说：“周老师是天下第一等人。”朱熹很小的时候就曾问过老师：“头顶是天，那么天之上是什么？”陆九渊三四岁的时候就问老爹：“天地的边际在哪里？”
正是这种区别于注重现实的古典儒者的探索精神，让理学诞生到人间。理学虽然诞生于南宋，可在南宋时命运多舛。朱熹晚年，发生了“庆元党禁”，一大批理学家和信奉理学的朝野著名人士被列入伪党名录。理学受到重创，直到南宋灭亡，都未恢复元气。不过元朝初期，蒙古人对思想的宽松政策使理学重获青春。理学就在它倒下的地方（中国南方，当年的南宋地区）站起来，开始发光发热。1314年，元朝皇帝把朱熹特别推崇的“四书”作为科举考试的内容，并且指定朱熹的《四书集注》作为它的参考书。直到此时，理学在全中国被普及，渐渐有了压倒其他思想的权威。